民辦非企業單位的辦事流程有下列步驟：
(1)申請成立：由舉辦者或舉辦單位負責起草登記申請書、章程等文件，辦好驗資報告、場所使用權證明、擬任負責人基本情況等材料，已具備申請民辦非企業單位成立登記的各項條件后，報請業務主管單位核查。
(2)業務主管部門審核：業務主管單位要對擬成立的民辦非企業單位進行認真地審查，認為情況屬實，并符合成立民辦非企業單位的各項條件，簽發同意成立的文件。
  
(3)審批：民政部門在收到民辦非企業單位的業務主管單位簽發的同意成立的文件以及其他文件和證明后，進行審批。
(4)經審核批準成立的發給證書，到民間組織服務中心繳費（包括：登記費、公告費、證書工本費）；
第二，登記民辦非企業單位基本情況；
第三，發給相應的民辦非企業單位登記證書；
第四，申請者不是單位的還需生成待發IC（個人）卡信息（民政）。
  
(5)建檔：民辦非企業單位申請登記材料移交民政部民間組織服務中心信息檔案處制作檔案。
(6)發布成立公告：民政部對準予登記的民辦非企業單位予以公告。